Ma'had Aly Yusuf Masyhar merupakan institusi pendidikan tinggi pesantren yang mendedikasikan seluruh kurikulumnya pada penguasaan kitab kuning secara holistik. Lembaga ini mengkhususkan diri pada program studi Takhassus Tafsir dan Ilmu Tafsir untuk mencetak ahli tafsir di masa depan. Para mahasantri mempelajari metodologi penafsiran klasik hingga kontemporer dengan bimbingan para ulama/ kiai yang kompeten. Seluruh sivitas akademika mengintegrasikan tradisi intelektual pesantren dengan kebutuhan zaman di lingkungan yang sangat religius. Dedikasi tersebut menjadikan institusi ini dapat dijadikan sebagai pusat rujukan studi Al-Qur'an yang sangat prestisius di wilayah Jombang.

Kurikulum pendidikan di Ma'had Aly Yusuf Masyhar menitikberatkan penguasaan literatur primer melalui kajian literatur tafsir yang autentik. Hal tersebut tercermin pada kegiatan para dosen pembimbing yang mengarahkan setiap mahasantri untuk menganalisis problematika umat melalui perspektif ayat Al-Qur'an dengan sangat teliti. Program pendidikan ini menerapkan standar akademik yang tinggi guna menjaga kualitas lulusan dalam bidang tafsir. Sinergi antara disiplin ilmu dan spiritualitas membentuk karakter intelektual yang sangat kokoh dalam menghadapi tantangan modernitas.

Lulusan Ma'had Aly Yusuf Masyhar menyandang gelar sarjana yang diakui oleh negara melalui regulasi Kementerian Agama Republik Indonesia secara resmi. Mereka membawa misi dakwah yang moderat untuk mencerahkan masyarakat luas di berbagai penjuru nusantara. Institusi ini terus menjalin kerja sama strategis dengan berbagai lembaga pendidikan internasional demi meningkatkan kualitas riset tafsir. Keberadaan ma'had ini memberikan kontribusi nyata bagi pelestarian khazanah keilmuan Islam tradisional di tanah air. Keunggulan akademik dan akhlakul karimah menjadi identitas utama yang melekat pada setiap individu alumni tersebut